中共巨鹿县委机构设置：
一、纪律检查委员会
二、工作部门
1、办公室、2、组织部、3、宣传部、4、统一战线工作部、5、农村工作委员会、6、政法委员会、7、直属机关工作委员会
三、议事协调机构的办事机构
1、机构编制委员会办公室、2、处理法轮功问题领导小组办公室；
四、部门管理机构
1、信访局、2、老干部局
说明：
县委设置工作部门8个。其中：纪律检查委员会机关与监察局合署办公；政法委员会与社会治安综合治理委员会办公室合署办公；台湾工作办公室（县政府台湾事务办公室）设在统一战线工作部，对外保留名称；机要局（密码工作领导小组办公室）、保密委员会办公室（保密局）设在县委办公室内，对外保留名称；精神文明委员会办公室设在宣传部内，对外保留名称。
另外设置部门管理机构及议事协调机构的办事机构4个：县委、县政府信访局由县委办公室、县政府办公室管理，以县委办公室管理为主；老干部局由组织部管理；机构编制委员会办公室为县机构编制委员会的常设办事机构，既是县委的工作机构，又是县政府的工作机构；县委处理法轮功问题领导小组办公室（县政府防范和处理邪教问题办公室）为县委处理法轮功问题的常设办事机构，挂靠县委办公室。


巨鹿县政府机构设置
一、工作部门
1、办公室、2、发展计划局、3、经济贸易局、4、财政局、5、教育文化体育局、6、科学技术局、7、公安局、8、监察局、9、民政局、10、司法局、11、人事劳动和社会保障局、12、审计局、13、统计局、14、国土资源局、15、建设局、16、交通局、17、环境保护局、18、农业局、19、水务局、20、卫生局、21、计划生育局
二、议事协调机构的办事机构
1、机构编制委员会办公室、2、扶贫开发领导小组办公室
三、政府直属事业机构
1、广播电视局、2、档案局（馆）、3、粮食局、4、物价局、5、林业局、6、乡镇企业局
说明：
县政府设置工作部门20个。其中：监察局与纪委检查委员会机关合署办公；政府法制办公室、政府经济体制改革办公室、开放办公室（招商局、重点项目办公室）、人民防空办公室设在政府办公室内，对外保留名称；农业局保留畜牧局名称；卫生局保留爱国卫生运动委员会办公室名称；地震局设在科学技术局内，对外保留名称。
县政府议事协调机构的办事机构1个：扶贫开发领导小组办公室为县扶贫开发领导小组的常设办事机构。另外，机构编制委员会办公室为县机构编制委员会的常设办事机构，既是县委的工作机构，又是县政府的工作机构。
县政府行使行政职能的直属事业机构设置6个